Los autores mejor fundamentados, datan la fundación de nuestro monasterio no mucho más tarde, en 1134, durante el reinado de García Ramírez en Pamplona y Navarra, quién hizo donación del término de Oliva, Castelmunio y de la villa de Encisa, al abad de Scala Dei para la instalación del mismo. Las dimensiones territoriales del cenobio fue aumentando con lugares como Figarol, Carcastillo (1162), Mélida, y Murillo el Cuende con posterioridad. Siglos XII y XIII que resultaron, así, de gran esplendor por donaciones, herencias y compras por la Navarra Media, Ribera del Bajo Aragón y por las Cinco Villas aragonesas. En 1348, la abadía sufre un fuerte revés como consecuencia de una peste, con el consiguiente descenso y depauperación de la población, agudizado por otros factores de carácter político en el reino. Durante el siglo siguiente se fue recuperando.

En la época moderna dispusieron del privilegio de asiento y voto en las Cortes del Reino, entre los representantes del brazo eclesiástico.

El siglo XIX fue una época difícil para el monasterio. En 1808, con la Guerra de la Independencia, fue desvalijado por los franceses de Dagut, siendo la comunidad disuelta y dispersada hasta 1814 en que regresaron. En 1820 fueron embargados sus bienes, y al año siguiente los monjes de la comunidad son exclaustrados. Volverían en 1823.

Con la Desamortización de Mendizábal se decretó la expropiación de los bienes eclesiásticos. El primero de octubre de 1835 fueron sus bienes desamortizados. Una columna volante se llevó a Tudela a los monjes y todos los muebles y semovientes que pudieron. La mayor parte del Coto o Campo Redondo, unas 300 ha. fueron vendidas en 1822 y 1835. El monasterio quedó arruinado, la gran Iglesia convertida en almacén. El archivo y la abundante biblioteca incautados.